Việc vận chuyển trên phạm vi rộng giữa các làng trên bờ hồ Malawi (hay Nyaza), và giữa bờ hồ với các đảo nhỏ có người cư ngụ được thực hiển bởi các tàu chạy bằng hơi nước hoặc tàu chạy bằng động cơ trên mặt hồ, hoặc bằng máy bay.

Tàu Chauncy Maples bắt đầu đảm nhận việc chuyên chở trên hồ từ năm 1901 dưới tên SS Chauncy Maples: một bệnh xá nổi và nhà thờ cho Hội truyền giáo Trung Phi của các đại học Anh. Sau đó nó được dùng làm tàu phà, và gần đây nó nằm ở vịnh Monkey chờ được tu bổ.

Tàu Mpasa đưa vào hoạt động từ năm 1935.[12]

Tàu phà Ilala hoạt động từ năm 1951 trên tuyến đường từ Vịnh Monkey ở cuối hồ phía nam tới Karonga ở đầu hồ phía bắc, và đôi khi tới vùng Iringa của Tanzania. Trong những năm gần đây nó thường không sử dụng được.

Tàu phà Mtendere phục vụ từ năm 1980.[12] Năm 1982 nó đã chở được 100.000 hành khách mỗi năm.[12] Nó thường hoạt động ở phần phía nam hồ, nhưng khi tàu phà Ilala không hoạt động được thì nó chạy tuyến đường tới Karonga.

Tàu phà Songea của Tanzania được đóng năm 1988.[13] Chủ của nó là Phân ban hàng hải của Công ty đường sắt Tanzania cho tới năm 1997, sau đó công ty trở thành Công ty trách nhiệm hữu hạn Dịch vụ hàng hải.[14] Hàng tuần Songea chạy tuyến đường giữa Liuli và thành phố Nkhata Bay ngang qua Itungi và Mbamba Bay.[13]

Việc đi tàu khoảng 2 lần một tuần từ Nkhata Bay ở bờ hồ tới các đảo nhỏ Likoma và Chizumulu, phải mất nhiều giờ. Cả hai đảo nhỏ đều không có cảng có thể sử dụng được, nên các tàu lớn phải thả neo ngoài xa rồi chở hành khách và hàng hóa vào đảo bằng tàu thuyền nhỏ.